A Secretaria Executiva da UNA-SUS (SE/UNA-SUS) foi criada para ser o ponto de enlace das instituições da Rede UNA-SUS e garantir a configuração material e simbólica própria da Universidade Aberta do SUS.
Funcionando no prédio da Fiocruz Brasília, teve sua existência formalizada pela Portaria GM 1.325 de 28 de maio de 2010, juntamente com o Colegiado Institucional, como parte do processo de institucionalização da UNA-SUS, representando uma decisão-chave para a viabilização da política de educação permanente dos profissionais do SUS.
Entre suas funções, destacam-se o suporte organizacional às atividades do Sistema UNA-SUS, o monitoramento e incentivo à participação das universidades e demais ofertadores de serviços educacionais, como forma de ampliar progressivamente a oferta de cursos e número de vagas em escala compatível com a demanda do SUS.
Além de ter a responsabilidade pela gestão de diversos sistemas, incluindo o ARES e a Plataforma Arouca, a Secretaria exerce papel integrador de conhecimento, serviço e tecnologias para a capacitação e educação permanente dos trabalhadores do SUS, desenvolvendo ainda atividades de monitoramento e avaliação das ações educacionais da Rede UNA-SUS e atividades de suporte aos usuários.
Adicionalmente, atua em programas de provimento - Mais Médicos e Provab - apoiando a gestão, coordenação dos processos de produção de módulos educacionais, oferta de cursos de especialização e desenvolvimento de mecanismos de supervisão e avaliação desses programas.
A Secretaria conta atualmente com uma força de trabalho composta por cerca de 170 profissionais, 50% dos quais exercem suas atividades no Edifício Sede da Fiocruz Brasília e os demais, de forma descentralizada, exercem atividades relacionadas com a produção de cursos e módulos educacionais.